传统上，可以通过进行染色质免疫沉淀和测序(ChIP-seq)来分析这些相互作用。但是这种方法需要大量的起始材料才能产生足够强的信号以消除背景噪声，并且经常返回假阳性信号。同时，ChIP-seq还需要优化的超声处理来破碎染色质，这可能非常耗时并可能导致样品损失。
在近的一项研究中，佛罗里达大西洋大学和国家、消化和肾脏疾病研究所的科学家们利用CUT&RUN技术建立了一个功能性全基因组图谱，该图谱是一种称为缺氧诱导因子的蛋白质复合物的特异性结合位点—HIF1α，位于人眼的晶状体中。该团队表示选择CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因为前者不需要DNA-蛋白质交联。此外，与ChIP-seq相比，前者成功实验所需的细胞计数J低。
在该实验中，CUT&RUN技术得以成功的应用，有助于接下来的大量研究，重点是了解某些蛋白质可能对基因表达的作用。
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